网站的物理结构是指网站目录的结构和所包含文件的真实位置。物理结构一般包括两种不同的形式：扁平物理结构和树状物理结构。

对于一个小型网站，所有页面都存储在网站的根目录中，这是一个平面的物理结构。具有扁平物理结构的网站。

这种扁平的物理结构非常适合搜索引擎，因为所有页面都可以在一次访问中遍历。但是，如果有太多的web页面和太多的web文件放在根目录中，那么查找和维护它们是相当麻烦的。因此，扁平的物理结构一般适用于只有几页的小型和微型站点。

对于大型网站，通常需要两到三级或更多的子目录才能保证网页的正常存储。这个多级目录也称为树物理结构：即根目录被细分为多个通道或目录，然后属于这个目录的终内容页存储在每个目录下。

使用树型物理结构的优点是易于维护，但是对于搜索引擎来说，要掌握它相对比较困难。目前，互联网上的网站内容普遍丰富，大多采用树型物理结构。

与网站的物理结构不同，网站的逻辑结构也成为链接结构，主要是指网页内部链接形成的逻辑结构，即链接结构。逻辑结构和物理结构的区别在于，逻辑结构是由网页的互连决定的，而物理结构是由网页的物理存储地址决定的。

在网站的逻辑结构中，“链接深度”通常用来描述页面之间的逻辑关系“链接深度”是指从源页面到目标页面的路径数。例如，如果网站的a页中有指向目标页B的链接，则从a页到B页的链接深度为1。

-扁平逻辑结构：一个扁平逻辑结构的网站，实际上网站中的任何两个页面都可以相互连接，也就是说，网站中的任何一个页面都包含指向所有其他页面的链接，页面之间的链接深度为1。目前，单纯采用扁平逻辑结构作为全站仪结构的网站很少。