导航中颜色的一个简单用户是为访问过的链接显示不同的颜色。默认情况下，大多数浏览器，把已访问链接变为紫色。其他颜色也是可以的，但一般来说，明亮、鲜活的颜色常被未访问链接使用；已访问链接不会使用它们，而用更为柔和的颜色，让链接看起来暗淡和“破旧”。因为我们知道人们在导航中长遵循“中心与辐条”的模式，为已访问链接分配不同的颜色能够帮助用户定向，对“再次找到”也有助益。导航设计需要考虑颜色这一重要因素，因为颜色不仅仅是装饰，它还能够促进交互，有助于辨别导航选项的优先级。分层可以经由颜色来实现。利用不同的遮罩和颜色，你可以把某些选项带到前景，而把其他从视觉上推到背景。但使用过多的颜色会导致收益递减。确定导航的颜色时，要小心地加强导航，而不是减损它。

　　另一种导航编码的方式是按内容区的主题编码，它同时还会加强品牌。举例来说，德国门户网站T-Online，就是网站的主tab使用了颜色编码。每个tab的内容区域也使用相应的颜色作为页面的主背景色。服务的内容区是洋红色的，加强了T-Online的母公司德国电信的主品牌色。